フォルダごと上書きしてください。
事前にconfig/config.phpをバックアップしておくことをおすすめします。
admin@hostname:~$ cp /var/www/html/squirrelmail/config/config.php ~/ admin@hostname:~$ cd /tmp/ admin@hostname:/tmp$ tar zxf ~/ダウンロード/squirrelmail-j25.tar.gz admin@hostname:/tmp$ cp -r squirrelmail /var/www/html/ admin@hostname:/tmp$ rm -rf squirrelmail/
